La Fundación Ciudadanos por Chile surge en el contexto de la crisis social y política iniciada en octubre de 2019, momento en que distintos actores sociales, gremiales y ciudadanos coincidieron en la necesidad de organizarse para promover la defensa de la democracia, el Estado de Derecho y la participación cívica. De esta convergencia nació el movimiento Ciudadanos por Chile, que reunió a diversas organizaciones del mundo social, comunitario y gremial, entre ellas la Confederación Nacional del Transporte de Carga, la Red Evangélica de Unidad Nacional, la Federación Nacional de Buses (FEDEBUS), la Multigremial de las Fuerzas Armadas en retiro, organizaciones del ámbito agrícola y de víctimas de la violencia rural de la Araucanía, la Confederación de Padres y Apoderados (CONFEPA) y otras entidades ciudadanas.

El movimiento se presentó públicamente el 28 de enero de 2020 bajo la vocería de Sergio Pérez y del obispo Edito Espinoza, marcando el inicio de su participación en el debate público nacional.

Con el propósito de dar continuidad institucional a este esfuerzo, posteriormente se constituyó la Fundación Ciudadanos por Chile, consolidando una estructura formal con personalidad jurídica, directorio y proyección de largo plazo.